Poco se sabe de San Antonio aparte de su nombre latino de Portus Magnus que irá mutando en sus devenires, Puerto Grande, muy buen refugio y base de abastecimiento como dicen los cronistas locales, pero sí aparece en los primeros tiempos del Cristianismo con la cueva de Sant Agnés que al estar dedicada al Cordero de Cristo (nada que ver con Santa Inés) me hace pensar si no fue refugio de cristianos trinitarios frente a la fe arriana impuesta por los Vándalos en el siglo V.

En el año 455 los Vándalos después de haber conqistado el Norte de África y saqueada Roma conquistan las Islas Baleares, Córcega, Cerdeña y Sicilia pero hasta el año 470 no las tienen bien controladas. Como las Islas aceptaban la divinidad de Cristo y los arrianos no, fue motivo de grandes persecuciones, a los trinitarios les quitaron sus tierras pero como el problema no se arreglaban y Bizancio arreaba, el vándalo Hunerico convoca concilio en Cartago con todos los obispos, arrianos y trinitarios. Allí aparece un obispo de Ibiza llamado Opilión.
En el año 620 tenemos otro obispo de Ibiza, Vicente, al que le escribe una carta el obispo de Cartagena reprendiéndole por leer desde el púlpito una carta de Jesucristo caída del Cielo "donde ni se encontraba locución elegante ni doctrina sana".

Cuando los árabes se hicieron con Ibiza en el año 903 la Isla quedó bajo la jurisdicción del Emirato de Códoba hasta el año 1015 que fue conquistada con las Baleares y Cerdeña por el rey moro de Denia Muyähid al-Amirï al-Muwaffaq. A la muerte de Muyähid en 1045, se hace cargo del poder su hijo primogénito Alï b.Muyähid Iqbäl al-Dawla, nacido de madre cristiana. Alï concedió en 1058 un privilegio por el cual incluye a los mozárabes de sus reinos dentro de la jurisdicción del episcopado de Barcelona, donando en perpetuidad todas las iglesias de las Baleares y de Denia a la catedral de la Santa Cruz y Santa Eulalia de Barcelona y a su obispo barcelonés Gilabert. Tal vez de ahí le venga el nombre a Santa Eulalia.

Como vemos en nuestras islas habían cristianos viejos (mozárabes) con los moros y habida cuenta de esta tradición en Bortu Many (San Antonio) es muy probable que ayudaran en 1235 a los catalanes en la conquista definitiva de Ibiza. Antes de terminar el siglo pidieron a Tarragona una iglesia consiguiendo en 1305 una capilla con su cementerio anexo, por esa fecha se empezó a construir la actual iglesia, ampliándo sus torres defensivas ante las invasiones continuas de piratas.

Des de sempre l'església ha estat un lloc d'oració, però també de defensa i de vida social; pensem que la gent vivia a cases allunyades i els vesins es reunien als porxos de l'església, arrecerats de les inclemències del temps.
L'església actual és del segle XVII i acabada al XVIII i es va construir amb sous aportats pels vesins, que cada diumenge subhastaven, compraven i venien formatges, mel, gallines i moltons, cebes, blat, coques, peix, etc
Al segle XVIII, fa poc més de dos-cents anys, el rei Felip V de Borbó va manar que tots els documents públics i privats, l'escola i els actes religiosos s'havien de fer i d'escriure en llengua espanyola i també va canviar les lleis i privilegis que regulaven la vida pública que altres reis anteriors havien concedit als eivissencs i formenterers.

Els canyons de la torre de l'església encara funcionaven en cas de necessitat per defendre's dels enemics.
Durant la primera meitat d'aquest segle es crea i es construeix l'edifici de l'ajuntament.
L'any 1860-1861 es fan les primeres escoles públiques a Sant Antoni de Portmany, es comença la carretera de Sant Antoni a Vila, que va tardar deu anys a acabar-se, es treballa per arreglar el port i a final de segle entra un funcionament el far de ses Coves Blanques".